1958年10月，三门县撤销县的建制并入临海县，本机关也随之撤并。1962年4月，三门恢复县的建制，同年7月，三门县人民检察院也随之恢复。文革期间，检察机关被砸烂，机构瘫痪。1968年底成立了中国人民解放军三门县公安局机关军事管制组，对公安、检察、法院实行军事管制。1973年1月，军管撤销以后，县公安局、县法院相继恢复，但检察院却未恢复，只在县公安局内设立检察股，办理检察业务。

　　根据1978年宪法和中共中央（1978）21号和中共浙江省委（1978）32号文件规定，三门县人民检察院于1978年11月5日重新建立，并于同日在县公安局内开始办公。1980年除信访办事机构仍留在公安局内，其余办事机构全部搬至电影院门楼三楼办公。

　　1983年初，在海游街59号与县法院合建的办公楼落成，检察院办公点位于大楼一楼的西边、三楼的全部，四楼的东边部分。

　　2002年初，我院启动“两房”建设。2003年初正式动工，至2004年12月10日竣工验收，并于同年12月31日从海游街59号搬至三门县大湖塘新区滨海大道6号办公。2005年1月3日新大楼正式投入使用，1月21日举行了新大楼落成仪式。目前检察新大楼占地19.3亩，建筑总面积12241m，其中主楼7970m，技侦楼1476m、附楼2741m。